Στο Θεραπευτήριο Χρονίων Παθήσεων Χανίων λειτουργούν τα εξής τμήματα:

α) Τμήμα Διοικητικό - Οικονομικό
β) Τμήμα Χρονίως Πασχόντων
γ) Τμήμα Υπερήλικων μη αυτοεξυπηρετούμενων
δ) Τμήμα Επαγγελματικής Κατάρτισης και Κοινωνικής Ένταξης Α.με.Α.
ε) Τμήμα Βοήθεια - Νοσηλεία στο σπίτι